Das zwei Hauptgebäude umfassende Museum ist eines der bekanntesten Ausflugsziele am Bodensee. Das Pfahlbauten Museum Unteruhldingen ist in das Alte Museum und in das Neue Museum aufgeteilt.
Im Alten Museum,
einem historischen Ausstellungsraum, sind Hunderte archäologischer
Funde der Ausgrabungen vor Sipplingen und Unteruhldingen
zu sehen. Das alte Ausstellungsgebäude wurde 1934 errichtet und zeigt Originalfunde
der Bronze- und Steinzeit.
Das Neue Museum
ist behindertengerecht und beherbergt hauptsächlich wissenschaftliche Räume. So finden sich hier Forschungs-, sowie Vortragsräume. Hier befindet sich auch auch ein Taucher-Aquarium mit Bodenseefischen und einer
nachgestellten Unterwasserausgrabungsszene. Die Ausstellung präsentiert
maßstabsgetreue Modelle der Pfahlbauzeit, Ausgrabungsfunde, Forschungsgeschichtliches und Bilder von
Pfahlbauten aus aller Welt.